I bonsai sono coltivati in piccoli vasi di ceramica, di solito importati dal Giappone o dalla Cina. La ceramica giapponese è nota per la sua alta qualità, di solito costosa, elegante, naturale e non smaltata, mentre la ceramica cinese è di solito economica e ha una finitura smaltata lucida.
I bonsai maturi o finiti non hanno più bisogno di essere modellati, sono stati trapiantati e le loro radici sono state potate più volte, si sono adattati alla vita in piccole ciotole bonsai. I giovani bonsai, tuttavia, hanno bisogno di vasi più grandi, più spazio per crescere, e devono adattarsi gradualmente alla vita in vasi più piccoli con ogni trapianto e potatura delle loro radici. I giovani alberi possono essere trapiantati in vasi di ceramica o di plastica poco costosi.